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• MahalanobisDistance() : PLMD::refdist::MahalanobisDistance
• main() : PLMD::CLTool , PLMD::cltools::CLToolSumHills , PLMD::cltools::Completion , PLMD::cltools::Driver< real > , PLMD::cltools::GenExample , PLMD::cltools::GenJson , PLMD::cltools::GenTemplate , PLMD::cltools::Info , PLMD::cltools::kt , PLMD::cltools::Manual , PLMD::cltools::PdbRenumber , PLMD::cltools::PesMD , PLMD::cltools::ShowGraph , PLMD::cltools::SimpleMD , PLMD::cltools::SwitchingPlotter , PLMD::mapping::PathTools , PLMD::ves::MD_LinearExpansionPES
• make_shape() : PLMD::Plumed
• make_unique() : PLMD::Tools
• makeInvalid() : PLMD::Plumed
• makeValid() : PLMD::Plumed
• makeWhole() : PLMD::ActionAtomistic
• Manual() : PLMD::cltools::Manual
• MarginalWeight() : PLMD::ves::MarginalWeight
• MassChargeInput() : PLMD::generic::MassChargeInput
• mating() : PLMD::maze::Memetic
• Matrix() : PLMD::Matrix< T >
• matrix() : PLMD::metatensor::vesin::BoundingBox
• matrixChainContinues() : PLMD::ActionWithMatrix
• MatrixOperationBase() : PLMD::matrixtools::MatrixOperationBase
• MatrixProductDiagonal() : PLMD::refdist::MatrixProductDiagonal
• MatrixTimesMatrix() : PLMD::matrixtools::MatrixTimesMatrix
• MatrixTimesVector() : PLMD::matrixtools::MatrixTimesVector
• Max() : PLMD::Communicator , PLMD::lepton::Operation
• max_size() : PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >
• MaxEnt() : PLMD::bias::MaxEnt
• maybe_assign() : PLMD::gch::detail::allocator_inliner< Allocator, false > , PLMD::gch::detail::allocator_inliner< Allocator, true >
• MD2double() : PLMD::DataPassingObject , PLMD::DataPassingObjectTyped< T > , PLMD::DataPassingTools , PLMD::DataPassingToolsTyped< T >
• MD_LinearExpansionPES() : PLMD::ves::MD_LinearExpansionPES
• mdMemoryView() : PLMD::mdMemoryView< N, STRIDE >
• MDQuantityToPLUMED() : PLMD::PlumedMain
• mean() : PLMD::maze::tls
• Member() : PLMD::maze::Member
• Memetic() : PLMD::maze::Memetic
• memFusionP() : PLMD::membranefusion::memFusionP
• MemoryView() : PLMD::MemoryView< N >
• mergeKernels() : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• MetaD() : PLMD::bias::MetaD
• Metainference() : PLMD::isdb::Metainference
• MetainferenceBase() : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• MetatensorPlumedAction() : PLMD::metatensor::MetatensorPlumedAction
• MFilterLess() : PLMD::multicolvar::MFilterLess
• MFilterMore() : PLMD::multicolvar::MFilterMore
• Min() : PLMD::Communicator , PLMD::lepton::Operation
• minimise() : PLMD::ConjugateGradient< FCLASS > , PLMD::gridtools::GridSearch< FCLASS > , PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >
• Minimise1DBrent() : PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >
• MinimiseBase() : PLMD::MinimiseBase< FCLASS >
• modifyForceOnEnergy() : PLMD::ActionAtomistic
• modulo() : PLMD::VectorGeneric< n >
• modulo2() : PLMD::VectorGeneric< n >
• molfile_lock() : PLMD::Tools
• move_allocation_pointer() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• move_assign() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• move_assign_default() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• move_assign_unequal_no_propagate() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• move_initialize() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• move_left() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• move_right() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• moveScaleOffset() : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• moveSigmas() : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• moveTilde() : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• MovingRestraint() : PLMD::bias::MovingRestraint
• mpiSumValuesAndDerivatives() : PLMD::Grid
• mt_eng() : PLMD::maze::rnd
• MultiColvarDensity() : PLMD::gridtools::MultiColvarDensity
• MultiColvarTemplate() : PLMD::colvar::MultiColvarTemplate< T >
• multiLinearInterpolation() : PLMD::ves::GridLinearInterpolation
• Multiply() : PLMD::lepton::Operation
• MultiplyConstant() : PLMD::lepton::Operation
• multiplyWithValues() : PLMD::ves::CoeffsVector
• MultiRMSD() : PLMD::colvar::MultiRMSD
• multiSimSumAverages() : PLMD::ves::VesBias
• MultiValue() : PLMD::MultiValue
• mutation() : PLMD::maze::Memetic