- d -

• Data() : PLMD::Communicator::Data
• data() : PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >
• data_ptr() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity > , PLMD::gch::detail::small_vector_data_base< Pointer, SizeT >
• DataPassingObject() : PLMD::DataPassingObject
• deactivate() : PLMD::Action , PLMD::ves::CoeffsBase
• deallocate() : PLMD::gch::detail::allocator_interface< Allocator >
• Debug() : PLMD::generic::Debug
• decrease_probability() : PLMD::maze::Simulated_Annealing
• decrease_size() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• decreaseReferenceCounter() : PLMD::PlumedMain
• decref() : PLMD::Plumed
• default_uninitialized_copy() : PLMD::gch::detail::allocator_interface< Allocator >
• default_uninitialized_value_construct() : PLMD::gch::detail::allocator_interface< Allocator >
• Delta() : PLMD::lepton::Operation
• Density() : PLMD::volumes::Density
• DeprecatedAtoms() : PLMD::PlumedMain::DeprecatedAtoms
• deriv_poly() : PLMD::symfunc::SphericalHarmonic
• derivativesImplemented() : PLMD::function::Bessel , PLMD::function::FunctionTemplateBase
• description() : PLMD::CLTool , PLMD::cltools::CLToolSumHills , PLMD::cltools::Completion , PLMD::cltools::Driver< real > , PLMD::cltools::GenExample , PLMD::cltools::GenJson , PLMD::cltools::GenTemplate , PLMD::cltools::Info , PLMD::cltools::kt , PLMD::cltools::Manual , PLMD::cltools::PdbRenumber , PLMD::cltools::PesMD , PLMD::cltools::ShowGraph , PLMD::cltools::SimpleMD , PLMD::HistogramBead , PLMD::mapping::PathTools , PLMD::switchContainers::baseSwitch , PLMD::SwitchingFunction , PLMD::ves::FermiSwitchingFunction , PLMD::ves::MD_LinearExpansionPES
• destroy() : PLMD::gch::detail::allocator_interface< Allocator >
• destroy_at() : PLMD::gch::detail::allocator_interface< Allocator >
• destroy_range() : PLMD::gch::detail::allocator_interface< Allocator >
• destroyData() : PLMD::Keywords
• Determinant() : PLMD::matrixtools::Determinant
• determinant() : PLMD::metatensor::vesin::Matrix , PLMD::sizeshape::position_linear_proj , PLMD::sizeshape::position_maha_dist , PLMD::TensorGeneric< n, m >
• DFSClustering() : PLMD::clusters::DFSClustering
• DHEnergy() : PLMD::colvar::DHEnergy
• diagonalHessian() : PLMD::ves::Optimizer , PLMD::ves::VesBias
• DiagonalizeMatrix() : PLMD::matrixtools::DiagonalizeMatrix
• difference() : PLMD::ActionWithArguments , PLMD::HistogramBead , PLMD::Value
• differentiate() : PLMD::lepton::Operation , PLMD::lepton::ParsedExpression
• Dihcor() : PLMD::multicolvar::Dihcor
• DihedralCorrelation() : PLMD::colvar::DihedralCorrelation
• Dimer() : PLMD::colvar::Dimer
• Dipole() : PLMD::colvar::Dipole
• DirectoryChanger() : PLMD::Tools::DirectoryChanger
• disableBiasFileOutput() : PLMD::ves::VesBias
• disableDynamicTargetDistFileOutput() : PLMD::ves::VesBias
• disableDynamicTargetDistribution() : PLMD::ves::VesBias
• disableFesFileOutput() : PLMD::ves::VesBias
• disableFesFileProjOutput() : PLMD::ves::VesBias
• disableHessian() : PLMD::ves::VesBias
• disableStaticTargetDistFileOutput() : PLMD::ves::VesBias
• Displacement() : PLMD::refdist::Displacement
• Distance() : PLMD::colvar::Distance
• distance() : PLMD::NeighborList , PLMD::Pbc
• DistanceFromContour() : PLMD::contour::DistanceFromContour
• DistanceFromContourBase() : PLMD::contour::DistanceFromContourBase
• DistanceFromSphericalContour() : PLMD::contour::DistanceFromSphericalContour
• DistanceMatrix() : PLMD::adjmat::DistanceMatrix
• Distances() : PLMD::multicolvar::Distances
• distances_between_faces() : PLMD::metatensor::vesin::BoundingBox
• Divide() : PLMD::lepton::Operation
• DLLoader() : PLMD::DLLoader
• dlopen() : PLMD::Plumed , PLMD::PlumedHandle
• dlsym() : PLMD::Plumed
• do_regression_zero() : PLMD::isdb::Caliber , PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• do_svd() : PLMD::isdb::RDC
• doAccept() : PLMD::isdb::EMMI , PLMD::isdb::Rescale
• doCoreCalc() : PLMD::RMSDCoreData
• doCoreCalcWithCloseStructure() : PLMD::RMSDCoreData
• DomainComms() : PLMD::DomainDecomposition::DomainComms
• DomainDecomposition() : PLMD::DomainDecomposition
• doMonteCarlo() : PLMD::isdb::EMMI , PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase , PLMD::isdb::Rescale
• doNotAllowBiasCutoff() : PLMD::ves::TargetDistribution
• doNotCalculateDerivatives() : PLMD::ActionWithValue
• doNotForce() : PLMD::ActionAtomistic
• doNotRetrieve() : PLMD::ActionAtomistic
• DopsShortcut() : PLMD::crystdistrib::DopsShortcut
• doRational() : PLMD::switchContainers::fixedRational< N,, > , PLMD::switchContainers::rational< isFast, nis2m >
• doRegression() : PLMD::isdb::EMMI
• doSearch() : PLMD::RootFindingBase< FCLASS >
• dot() : PLMD::metatensor::vesin::Vector
• double2MD() : PLMD::DataPassingTools , PLMD::DataPassingToolsTyped< T >
• doWithTasks() : PLMD::function::FunctionTemplateBase , PLMD::function::Highest , PLMD::function::Moments , PLMD::function::Sort
• drawActionWithVectorNode() : PLMD::cltools::ShowGraph
• Driver() : PLMD::cltools::Driver< real >
• DRMSD() : PLMD::colvar::DRMSD
• DumpAtoms() : PLMD::generic::DumpAtoms
• DumpContour() : PLMD::contour::DumpContour
• DumpDerivatives() : PLMD::generic::DumpDerivatives
• DumpForces() : PLMD::generic::DumpForces
• DumpGrid() : PLMD::gridtools::DumpGrid
• DumpMassCharge() : PLMD::generic::DumpMassCharge
• DumpMultiColvar() : PLMD::multicolvar::DumpMultiColvar
• DumpPDB() : PLMD::generic::DumpPDB
• DumpProjections() : PLMD::generic::DumpProjections
• dumpStateToFile() : PLMD::opes::OPESexpanded , PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• DumpVector() : PLMD::generic::DumpVector
• dynamicStepSize() : PLMD::ves::Optimizer
• dynamicTargetDistribution() : PLMD::ves::VesBias