Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:
- e -
- e
: PLMD::ActionToPutData
, PLMD::Plumed::finalize_plumed_error
- e_size
: PLMD::molfile::trx_hdr
, PLMD::xdrfile::t_trnheader
- ECVcustom()
: PLMD::opes::ECVcustom
- ECVlinear()
: PLMD::opes::ECVlinear
- ECVmultiThermal()
: PLMD::opes::ECVmultiThermal
- ECVmultiThermalBaric()
: PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric
- ECVs_
: PLMD::opes::ECVcustom
, PLMD::opes::ECVlinear
, PLMD::opes::ECVmultiThermal
, PLMD::opes::ECVumbrellasFile
, PLMD::opes::ECVumbrellasLine
, PLMD::opes::OPESexpanded
- ECVs_beta_
: PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric
- ECVs_pres_
: PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric
- ECVumbrellasFile()
: PLMD::opes::ECVumbrellasFile
- ECVumbrellasLine()
: PLMD::opes::ECVumbrellasLine
- EDS()
: PLMD::eds::EDS
- eed
: PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
- EEFSolv()
: PLMD::colvar::EEFSolv
- EffectiveEnergyDrift()
: PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
- eigenvals
: PLMD::RMSDCoreData
- eigenvecs
: PLMD::RMSDCoreData
- eigenvectors
: PLMD::colvar::PCARMSD
- eigvals
: PLMD::matrixtools::DiagonalizeMatrix
- eigvecs
: PLMD::matrixtools::DiagonalizeMatrix
- element_size()
: PLMD::gch::detail::inline_storage< T, InlineCapacity >
, PLMD::gch::detail::inline_storage< T, 0 >
- EMMI()
: PLMD::isdb::EMMI
- emplace()
: PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >
- emplace_at()
: PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
- emplace_back()
: PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >
- emplace_into_current()
: PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
- emplace_into_current_end()
: PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
- emplace_into_reallocation()
: PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
- emplace_into_reallocation_end()
: PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
- empty()
: PLMD::Citations
, PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >
- empty_small_vector
: PLMD::gch::default_buffer_size< Allocator >
- emptyActiveMembers()
: PLMD::MultiValue
- emptyKeys
: PLMD::ActionOptions
, PLMD::CLToolOptions
- enable()
: PLMD::DomainDecomposition::DomainComms
- enableBiasFileOutput()
: PLMD::ves::VesBias
- enabled()
: PLMD::LinkCells
- enableDynamicTargetDistFileOutput()
: PLMD::ves::VesBias
- enableDynamicTargetDistribution()
: PLMD::ves::VesBias
- enableFesFileOutput()
: PLMD::ves::VesBias
- enableFesProjFileOutput()
: PLMD::ves::VesBias
- enableHessian()
: PLMD::ves::Optimizer
, PLMD::ves::VesBias
- enableIterationNumberInFilenames()
: PLMD::ves::VesBias
- enableMultipleCoeffsSets()
: PLMD::ves::VesBias
- enableNestedExceptions()
: PLMD::PlumedMain
- enablePythonInterpreter
: PLMD::GenericMolInfo
- enableStaticTargetDistFileOutput()
: PLMD::ves::VesBias
- end()
: PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >
, PLMD::generic::UpdateIf
, PLMD::Tools::FastStringUnorderedMap< T >
- end_ptr()
: PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
- EndPlumed()
: PLMD::generic::EndPlumed
- endPlumed
: PLMD::PlumedMain
- ene_
: PLMD::isdb::EMMI
- energy
: PLMD::ActionAtomistic
- Energy()
: PLMD::colvar::Energy
- energy
: PLMD::molfile::molfile_qm_wavefunction_t
, PLMD::Units
- energyString
: PLMD::Units
- enforceBackup()
: PLMD::OFile
- enforceBackup_
: PLMD::OFile
- enforcedSuffix
: PLMD::FileBase
- enforcedSuffix_
: PLMD::FileBase
- enforceRestart()
: PLMD::OFile
- enforceRestart_
: PLMD::OFile
- enforceSuffix()
: PLMD::FileBase
- eng
: PLMD::ActionToPutData
- eng_pointer
: PLMD::Brent1DRootSearch< FCLASS >
, PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >
- engf_pointer
: PLMD::ConjugateGradient< FCLASS >
, PLMD::F1dim< FCLASS >
, PLMD::gridtools::GridSearch< FCLASS >
, PLMD::MinimiseBase< FCLASS >
, PLMD::RootFindingBase< FCLASS >
- engfnc_pointer
: PLMD::F1dim< FCLASS >
, PLMD::RootFindingBase< FCLASS >
- ens_dim
: PLMD::function::Ensemble
, PLMD::function::LocalEnsemble
- Ensemble()
: PLMD::function::Ensemble
- ensemble
: PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
- EnsureGlobalDLOpen()
: PLMD::DLLoader::EnsureGlobalDLOpen
- EnvironmentSimilarity()
: PLMD::envsim::EnvironmentSimilarity
- eof
: PLMD::FileBase
- eps
: PLMD::bias::LWalls
, PLMD::bias::UWalls
- EPS
: PLMD::Brent1DRootSearch< FCLASS >
, PLMD::ConjugateGradient< FCLASS >
, PLMD::Random
- epsilon
: PLMD::colvar::DHEnergy
- epsilon_
: PLMD::opes::OPESmetad< mode >
, PLMD::ves::Opt_Adam
, PLMD::ves::TD_Multicanonical
, PLMD::ves::TD_MultithermalMultibaric
- epsilonClose
: PLMD::colvar::PathMSDBase
- erase()
: PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >
- erase_all()
: PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
- erase_at()
: PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
- erase_last()
: PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
- erase_range()
: PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
- erase_to_end()
: PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
- eraseFile()
: PLMD::PlumedMain
- ERF
: PLMD::lepton::Operation
- Erf()
: PLMD::lepton::Operation
- ERFC
: PLMD::lepton::Operation
- Erfc()
: PLMD::lepton::Operation
- ermsd
: PLMD::colvar::ERMSD
- ERMSD()
: PLMD::colvar::ERMSD
, PLMD::ERMSD
- err
: PLMD::FileBase
- error()
: PLMD::Action
, PLMD::CLTool
- error_category
: plumed_error
- error_code
: plumed_error
- error_handler
: PLMD::PlumedMain
- error_type
: PLMD::bias::MaxEnt
- estimateNumSteps()
: PLMD::opes::ExpansionCVs
- etas
: PLMD::colvar::GHBFIX
- EuclideanDistance()
: PLMD::refdist::EuclideanDistance
- evaluate()
: PLMD::KernelFunctions
, PLMD::lepton::CompiledExpression
, PLMD::lepton::CustomFunction
, PLMD::lepton::ExpressionProgram
, PLMD::lepton::Operation
, PLMD::lepton::ParsedExpression
, PLMD::lepton::PlaceholderFunction
, PLMD::LeptonCall
- evaluateBeadValue()
: PLMD::gridtools::KDE
- evaluateDeriv()
: PLMD::LeptonCall
- evaluateDerivative()
: PLMD::lepton::CustomFunction
, PLMD::lepton::PlaceholderFunction
- evaluateDerivatives()
: PLMD::contour::DistanceFromContour
, PLMD::contour::DistanceFromSphericalContour
- EvaluateFunctionOnGrid()
: PLMD::gridtools::EvaluateFunctionOnGrid
- evaluateGaussian()
: PLMD::bias::MetaD
, PLMD::bias::PBMetaD
- evaluateGaussianAndDerivatives()
: PLMD::bias::MetaD
- evaluateKernel()
: PLMD::contour::DistanceFromContourBase
, PLMD::gridtools::KDE
, PLMD::opes::OPESmetad< mode >
- evaluateNumericalDerivatives()
: PLMD::cltools::Driver< real >
- Exception()
: PLMD::Exception
, PLMD::lepton::Exception
, PLMD::Plumed::Exception
- exception_dispatch()
: PLMD::Plumed
- ExceptionDebug()
: PLMD::Plumed::ExceptionDebug
- ExceptionError()
: PLMD::Plumed::ExceptionError
- ExceptionTypeError()
: PLMD::Plumed::ExceptionTypeError
- ExchangePatterns()
: PLMD::ExchangePatterns
- exchangePatterns
: PLMD::PlumedMain
- exchangePatterns_fwd
: PLMD::PlumedMain
- exchangeStep
: PLMD::PlumedMain
- excitation
: PLMD::molfile::molfile_qm_wavefunction_t
- excluded_region_
: PLMD::opes::OPESmetad< mode >
- exists()
: PLMD::ActionWithValue
, PLMD::Keywords
- exit()
: PLMD::Action
, PLMD::PlumedMain
- exp
: PLMD::bias::LWalls
, PLMD::bias::UWalls
- EXP
: PLMD::lepton::Operation
- Exp()
: PLMD::lepton::Operation
- exp_alpha_
: PLMD::ves::VesDeltaF
- exp_b_
: PLMD::s2cm::S2ContactModel
- exp_cs
: PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift
- EXPAND
: PLMD::Brent1DRootSearch< FCLASS >
- expandArgKeywordInPDB()
: PLMD::ActionWithArguments
- expandFunctions()
: PLMD::multicolvar::MultiColvarShortcuts
- expandMatrix()
: PLMD::symfunc::CoordinationNumbers
- expandShortcut()
: PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
- ExpansionCVs()
: PLMD::opes::ExpansionCVs
- expdists
: PLMD::function::FuncPathGeneral
- expected_eps
: PLMD::bias::MaxEnt
- explore()
: PLMD::clusters::DFSClustering
, PLMD::opes::convergence
, PLMD::opes::exploration
- expo_
: PLMD::isdb::Rescale
- ExponentiallyModifiedGaussianDiagonal()
: PLMD::ves::TD_ExponentiallyModifiedGaussian
- ExponentialPowerDiagonal()
: PLMD::ves::TD_GeneralizedNormal
- exponentialSwitch()
: PLMD::switchContainers::exponentialSwitch
- expression
: PLMD::LeptonCall
, PLMD::switchContainers::leptonSwitch::funcAndDeriv
, PLMD::ves::TD_Custom
- expression_deriv
: PLMD::LeptonCall
- ExpressionProgram()
: PLMD::lepton::ExpressionProgram
- expressions
: PLMD::switchContainers::leptonSwitch
- ExpressionTreeNode()
: PLMD::lepton::ExpressionTreeNode
- ExtendedLagrangian()
: PLMD::bias::ExtendedLagrangian
- extension()
: PLMD::Tools
- extent
: PLMD::mdMemoryView< N, STRIDE >
, PLMD::MemoryView< N >
- External()
: PLMD::bias::External
- external_range_length()
: PLMD::gch::detail::allocator_interface< Allocator >
- external_range_length_impl()
: PLMD::gch::detail::allocator_interface< Allocator >
- extProduct
: PLMD::TensorGeneric< n, m >
- extra_biases_
: PLMD::opes::OPESmetad< mode >
- extra_msg()
: PLMD::TypesafePtr
- ExtraCV()
: PLMD::colvar::ExtraCV